明末，南京的秦淮河畔，才华横溢的复社文人侯方域与名妓李香君的一段悲欢离合的爱情故事在这里上演。侯方域与李香君以扇为盟，相偕欢好，然而奸臣阮大铖的阴谋让他们的爱情之路坎坷曲折。

侯方域被奸臣阮大铖设计陷害，匆促辞去；李香君守节毁容，血溅扇面。杨文骢将扇面血痕点染成折枝桃花，这便是贯穿全剧的桃花扇的由来。

阮大铖为陷害侯方域，奏请“广搜旧院，大罗秦淮”，李香君被送入宫内当歌伎。然而，命运让侯方域得以出狱，李香君也乘机从宫内逃出。

1、侯方域、李香君在栖霞山中相遇，道士以国仇家恨点醒他们，二人不忍看见国破家亡，双双入道。明思宗崇祯末年，“明末四公子”之一的侯方域来南京参加科举考试，落第未归，寓居荧愁湖畔，经杨龙友介绍结识李香君，两人情好日密。

订婚之日，侯方域题诗扇为信物以赠香君。当时隐居南京的魏忠贤余党阮大铖正为复社士子所不容，得知侯方域手头拈据，遂以重金置办妆奁，托其结拜兄弟杨龙友送去以笼络侯方域，意欲借以缓和与复社的关系。

被李香君看破端倪，义形于色，退回妆奁，阮大铖因此怀恨在心。李自成攻占北京，马士英、阮大铖在南京拥立福王登基，改元弘光，擅权乱政，排挤东林、复社士子。

时镇守武昌的宁南侯左良玉以“清君侧”为名兵逼南京，弘光小朝廷恐慌。因左良玉曾得侯方域之父提拔，侯方域遂写信劝阻，却被阮大铖诬陷为暗通叛军，侯方域为避害只身逃往扬州，投奔督师史可法，参赞军务。

阮大铖等逼迫李香君嫁给漕抚田仰，李香君以死相抗，血溅定情诗扇。后杨龙友将扇面血痕点染成桃花图。阮大铖邀马士英在赏心亭赏雪选妓，被李香君趁机痛骂以泄恨，但仍被选入宫中教戏。

李香君托苏昆生将桃花扇带给侯方域，侯方域回南京探望，却被阮大铖逮捕入狱。清军渡江，弘光君臣逃亡，侯方域方得出狱，避难栖霞山，在白云庵相遇李香君，在张道士点醒之下，二人双双出家。